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Bem desde que um técnico veio para arruma a lan house o anti virus Avira começou a detectar ameças toda hora , eu estou pensando em desinstalar e instalar denovo porem tenho medo de excluir a quarentena e danifica o pc, bem gostaria de saber se tem algum problema em deleta a quarentena mesmo o virus tendo infectado o System32, caso não tenha, teria alguma solução para para essas detectação que apararecem toda hora.

Prezado Desinstalar e reinstalar o antivírus não resolverá a situação.
Você tem que remover os vírus.

Recomendo que procure auxílio no fórum a seguir, o pessoal é especializado na remoção de vírus:
http://www.linhadefensiva.org/remocao-de-virus/